定期演奏会をはじめ、これまでに2000年に初の欧州ツアー、2005年のドレスデン音楽祭出演、2012年の米国ツアー、2015年と2016年の別府アルゲリッチ音楽祭出演、2016年、2019年の東京・春・音楽祭出演、2018年の風と緑の楽都音楽祭出演など、広く積極的に演奏活動を行っている。
録音では、武満徹作品集『How slow the Wind』（BIS／2001年）、『マリオ・ブルネロ＆紀尾井シンフォニエッタ東京』（ビクター／2004年）、指揮なしによる『プロコフィエフ《古典交響曲》』（EXTON／2005年）、川久保賜紀との『ヴィヴァルディ《四季》』（avex classics／2009年）、アントン・ナヌート指揮の『ベートーヴェン交響曲第5番《運命》』（EXTON／2010年）と『ブラームス交響曲第4番』（EXTON／2014年）、編曲者自身の指揮による『バッハ／シトコヴェツキー《ゴルトベルク変奏曲》』（マイスター・ミュージック／2015年）、ホーネック指揮『モーツァルト交響曲第25番＆ベートーヴェン交響曲第7番』（EXTON／2020年）、ホーネックが独奏とコンサートマスターを務めた『モーツァルト《セレナータ・ノットゥルナ》＆ベートーヴェン弦楽四重奏曲第14番』（EXTON／2021年）、突然のパンデミックによる半年の中止から満を持して再開した『第123回定期演奏会2020年9月ライヴ』（EXTON／／2022年）などをリリースし、いずれも高い完成度と優れた音楽性で好評を得ている。
2017年4月、団体名を「紀尾井ホール室内管弦楽団」に改称。同時に「求心力」と「発信力」、「洗練された音楽作り」を目指しライナー・ホーネックを首席指揮者に迎えた。2022年4月、第3代首席指揮者としてトレヴァー・ピノックが就任。
2025年には創立30周年を迎える。